Prima atestare documentară a satului Săbăreni ar fi din timpul lui Vlad Ţepeş (1456) când localitatea se numea Popeşti-Manuc (sursa ,,Istoria Românilor” de Giurăscu).
Satul Săbăreni îşi trage numele de la vechii locuitori care erau păstori pe malurile râului ,,SABAR”, iar în prag de iarnă aceştia se rătrăgeau la casele lor. Mai târziu aceştia s-au înrudit cu cei din Popeşti formând un singur sat – Săbăreni prin jurul anilor 1800.
Se povesteşte că în jurul anului 1750 în acest sat exista o mănăstire de călugări sub numele de Sfânta Ecaterina. Această înformaţie este sigură deoarece în anul mântuirii din 1971 au fost scoase cărămizi din locurile unde se indica existenţa Sfintei mănăstiri şi au fost folosite pentru construirea altei manăstiri care deserveau pentru interesul celor din jurul apei Ilfovăţului. Aceasta s-a dărâmat din cauza marelui cutremur din jurul anilor 1800 (nu se cunoaste data exacta).
În perioada anilor 1840-1845 s-a zidit Sfânta Biserică care slăveste numele Domnului nostru Isus Hristos cu hramul de Sfântul Nicolae sub numele de Manuc zidită de proprietarul Stănică Cojocaru şi învelită cu şiţă.
Denumirea de Popeşti-Manuc vine de la stareţul mănăstirii Manuc, temelia acestei manăstiri a fost descoperită în apropierea râului Balcataci la punctul numit ,,Bâlboaca”.
Până la reorganizarea administrativ teritorială din anul 1968 a fost comuna de sine stătătoare după care a intrat în componenţa comunei Joiţa.
Promovarea satului Săbăreni la rang de comună a fost voinţa comunităţii exprimată prin vot la Referendumul organizat la data de 25.05.2003 când majoritatea locuitorilor au votat pentru desprinderea satului Săbăreni de comuna Joiţa.